안녕하세요, 이영우님!
질문주신 내용은 원인을 파악하기 쉽지않네요 ㅎㅎ
데이터 테이블 구조와 데이터 스튜디오 차트 설정/연산 등 다양한 원인이 있을 것으로 예상되어 좀더 많은 정보가 필요하고,
개인적으로는 테스트도 해보면서 원인을 파악해야할 정도의 난이도로 보입니다!

공유주신 이미지를 봤을 때 "선 차트"와 "피봇 테이블"을 비교하신 것으로 보여집니다.
생각하신대로 설정값을 동일하게 셋팅하면 데이터가 같게 나와야할 것 같은데요!

아쉽게도 저도 명확한 해결방법은 모르는 상태로, 그래도 도움을 드리고자 몇가지 생각나는 내용들을 참고용으로 공유드립니다.
1. 차트에 데이터가 보여지기 전에는 설정한 데이터들을 나열하고 연산하는 과정이 존재합니다. 차트별로 이 과정에 차이가 있다면 여기서 데이터 차이가 발생할 수 있을 것 같습니다.
(두 차트에 설정하는 항목의 명칭에는 다소 차이가 있습니다.)
2. 데이터 소스가 GA라면 GA에는 범위(이벤트, 세션, 사용자)라는 개념이 있어서 범위의 특정 조합이 차트 연산 중에 데이터 차이를 발생시켰을 수도 있을 것 같습니다.
3. 차트에서 항목을 하나씩 제외하고 어느 항목을 제거했을 때 두 차트의 데이터가 동일해지는지 확인이 필요할 것 같습니다. (1, 2번이랑 연결지어 원인을 찾기 위한 방법)
4. 다른 유형의 차트도 함께 비교하여 둘 중 어느 것과 일치하는지 확인합니다.
5. 일반 표 테이블에 차트 설정(측정기준, 측정항목, 필터)과 관련된 데이터를 설정하고, 이때 나온 데이터에 문제가 없는지 확인합니다.
* 위와 같은 방식으로 원인을 찾으시더라도 보통 이런 경우에는 데이터 스튜디오 기능만으로는 문제를 해결하지 못할 가능성이 큽니다.
이때는 문제가 되는 차트의 유형이나 차트 항목 변경을 고려하시는 쪽을 권장드립니다 🙂

도움을 드리지 못해 아쉽습니다. 잘 해결되셨으면 좋겠네요!